柯南、小蘭、毛利小五郎和少年偵探團及被邀請的一般民眾，參加了日本海上自衛隊在京都舞鶴港海域舉行了體驗航海活動，讓全國各地民眾聚集一起，體驗搭乘日本配備最尖端防衛系統的神盾艦。

高科技戰艦展示了它強大的電子武器力量，震撼在場民眾，突然間，爆炸聲響轟然大作，難道神盾艦在表演過程中不小心誤射實彈嗎？神祕的聲響讓已經開離港口、宛如密閉空間的艦內瞬間蔓延緊張氣氛……? !

柯南挺身調查這起海上棘手案件，線索串連起裝滿炸藥的迷樣船隻，和已經混入鑑內的某國間諜「X」，柯南拼湊之下猛然發現，航海體驗背後隱藏的巨大陰謀，遠遠超出想像，整起事件關係著日本全國上下安危！將震動日本全境！！